Barrapunto

El driver JDBC para mysql (casi todos los drivers jdbc, de hecho) tiene una peculiaridad y es que se conecta a la base de datos mediante sockets (de red). Es por esto que debes asegurarte que tu base de datos esté escuchando en el puerto 3306.

Para ello prueba a comentar en /etc/mysql/my.cnf la linea que pone skip-networking (y reinicia mysql). Si tienes un firewal configurado, asegurate de que permites la conexión al puerto 3306 desde 127.0.0.1.
Espero que te sirva de ayuda ;)

Sí, era eso, he comentado esa línea, he reiniciado mysql y ya me puedo conectar, ahora fijo que tengo algún problema más :-)

Muchas gracias