Barrapunto

Las distribuciones suelen tener lista de Hardware soportado por su distribución. Por lo menos Redhat y Suse las tienen. También hay el Hardware-Howto aunque no sé si está desfasado.
El que tiene que certificar el hard son los fabricantes y los drivers lo mismo. Si M$ no pagara a los fabricantes para que sólo soporten windows seguramente habría más drivers para Linux.
Además tampoco es tan dificil hacer un poco de investigación antes de comprar algo nuevo.

-Se requieren administradores altamente entrenados/centralizacion a la hora de configurar

En cualquier distribución moderna no hace falta compilar el núcleo para nada. si el hard está soportado por esa distribución sólo con cargar el módulo correspondiente ya está.
Que no se haga de la misma forma que en windows no quiere decir que sea dificil.
En algunas distribuciones hay hasta detectores de hardware.
Y sobre distribuciones para "windowseros" las hay. RedmondLinux o lindows pretenden eso. Corel Linux también lo pretendía y ahora ha sido comprada por otra empresa con esa misma pretensión. Por falta de pretensiones no será ;)

la mayoria de los programas/entornos/etc hay que configurarlos aparte, y a veces, hasta editar ficheros a mano con un editor

¿Y eso es malo? El problema es saber donde están esos ficheros y eso es fácil. Siempre están en /etc (o deberían).
Prefiero mil veces tener que editar un fichero con las opciones comentadas dentro de él que editar con regedit la clave Products/Microsoft/Outlook Express/{2abbfd0-2344954093-20939000fff} para poder poner el buzón del Outlook express en una carpeta de red, que por defecto no se puede.

Sobre KDE y Gnome es verdad que hacen lo mismo, pero son muy diferentes entre sí. Lo que si tendrían que ponerse de acuerdo (que creo que lo han hecho) es en cuestiones de integración. Compatibilidad de Drag And Drop, Soporte de componentes de uno en otro y cosas por el estilo, pero como para gustos están los colores yo prefiero libertad de elección que estar atado a un entorno que no me gusta y no puedo cambiar.
La libertad de elección es una ventaja para mí. Cada cual que use lo que mejor le venga. Por eso Linux funciona desde un 386 hasta un macro ordenador, porque si queremos no tenemos porqué cargar con entornos pesados que consumen una barbaridad. En windows no se puede quitar y hasta el más "pequeño" de los servidores tiene que ser un maquinón.

No hay dos Linux iguales pero si quieres puedes llevarte tu versión de Linux al que quieras. Sólo tienes que copiar las configuraciones de tu directorio de usuario al ordenador donde vayas a trabajar y ya tienes tu "Look And Feel" Claro que deberían tener la misma versión o una compatible.