Barrapunto

Aunque parece que algo más abandonado (almenos respecto al esplendido Bioperl), también tenemos proyecto para este lenguaje script OO. Encontrándose en bioruby.org

Seguro que hay algún otro proyecto por ahí. No tengo a mano pero hay librerías en C++ para Bioinformática, p.ej.

------------>http://bioinformatics.org/

Es un sitio muy recomendable con muchos proyectos y todos GPL.

  Y http://www.freebioinformatics.org

tengo dos problemillas filosóficos con la bioinformática,________el primero: es que aunque a mi me parece bueno el "open source-bioinformático" a todos y todas mis compas biologo-as(no obregonas) les parece muy mal, Repito: todos están en contra de dar información libre sobre informaciones que pueden o podrían ser "peligrosas para la comunidad", también la open source.________el segundo: como liberar soft libre bioinformático hoy día (con lo buscado y caro que es) y dejar que cualquier empresa lo compile y transforme como le rote, es decir como se demuestra que lo han cooopiado?. Y por último me parece gilipollas que los bioinformaticos spanish den gratis el bio-soft cuando, al menos los que rodean se mueren de hambre???

¡Diantres, cáspitas, rayos y centellas!

Estás diciendo que un biólogo (que se llama a sí mismo científico, supongo) está en contra de "compartir información"?

Creía que precisamente el objetivo de la ciencia y lo que la hacía fuerte es que se comparte libremente la información.

El pensamiento neoliberal y la filosofía de aplicar los métodos de empresa (léase pantentes entre otras) a todos los campos están haciendo más daño que el que creía (y no solo en el tercer mundo).

Saludos,

Julio Bonis Sanz

Las patentes y el copyright no tienen nada de liberal.

No olvides en qué consisten: el _Estado_ (el Gobierno) otorga _monopolios_ sobre el pensamiento para aplastar la competencia.

 

Pues es triste, pero es así. Lo que yo veo es que el fenómeno Open xxx (léase source u-lo-que-sea) sólo tiene cierto arraigo entre los informáticos. Es triste, pero los nuevos investigadores más parecen banqueros que científicos y no es de extrañar, pq la mayor parte del presupuesto de sus investigaciones (al menos en estados unidos) proviene de empresas privadas a las que no les interesa nada que los descubrimientos se divulguen.

Lo que no tengo nada claro es cómo va a encajar el fenómeno open source la industria farmacéutica, pq sin informáticos va a ser muy difícil seguir desarrollando medicamentos y los informáticos tendemos (afortunadamente) a ser unos románticos. Será interesante ver en que queda la cosa

Al menos en Ehpaña no tenemos ese problema, como la investigación no existe...

A ver, la immensa mayoría de los descubrimientos biológicos suelen publicarse en revistas científicas. Es una práctica muy arraigada e incluso investigaciones asociades a empresas presentan sus artículos. La importancia del descubrimiento a menudo suele sospesarse en que revista se ha visto publicado. La información es abierta. Cualquier investigador puede ir a la biblioteca de su centro a leer o consultar Internet .Otro tema es que la revista no sea gratuita, con esto hay mucha polémica actual sobre la liberación de los articulos al público en general sin pagar la suscricpcion a la revista o al artículo. No me extenderé en el tema porque tampoco lo conozco en exceso pero creo que hay revistas que por ejemplo lo liberan a los 6 meses de publicación. Creo que en www.nature.com hay una ardua discusión del tema y soy el primero que iré a darle un vistazo ahora mismo.
Otro tema son las patentes relacionados con algun descubrimiento o técnica. Ese es otra tema, que yo creo que a veces roza el abuso y perjudica a la investigación más pobre como la nuestra, por mucho que esté bien informada.

Sobre el biosoft, de la misma manera que con el otro software, es una elección que se ha de tomar. Puede interesar que tu programa se extienda haciéndolo libre y es una buena práctica científica liberar el código, generando desconfianza si no se hace. Si el código es monstruoso difícilmente otro grupo lo continuará y en defecto puede generarse una colaboración. Y si alguien lo continua paralelamente si la licencia fuera GPL, la comunidad en general quedaría beneficiada.
Es verdad que hay grandes packages de pago, sobretodo de dinámica molecular. Y son muy caros, eso si, son buenos sin duda.
Igualmente creo que el buen camino es el OpenSource y al contrario que crees, la investigación española creo que podrá sacar más beneficio así, ya que podrá acceder a código que le sería oculto y habría que pagar a regañadientes; aunque claro está después no se hará dinero con el soft, pero esto puede generar dinero por otras vías, y paradójicamente incluso por patentes en otros ámbitos (como fármacos), spin-offs biotech, etc.

Supongo que hacer un programa de código libre o no, económicamente puede ser estratégico o no (depende de las circunstancias), pero científicamente no hay duda es lo correcto.

Ésta es mi opinión.

A parte y volviendo a lo de la información, de hecho Bush recriminó a los biólogos recientemente ser demasiado abiertos respecto a otras ciéncias o ingenierias, por la publicación de artículos que con malos ojos podrían ser potencialmente una inspiración terrorista.
 

Efectivamente el tema de las patentes no concuerda mucho con la ideología "liberal". Contradice además a la teoría capitalista clásica que tanto defienden los smithsonianos.

Pero el pensamiento liberal, al cual por cierto pertenecía Gregorio Marañón según he leido en su biografía, no es lo mismo que el "neoliberalismo" que es una tendencia que gana fuerza desde los años 80 en Europa y EEUU.

La paradoja del neoliberalismo es que si bien defiende cuando le interesa los modelos de Adam Smith en cuanto a las bondades de la libre competencia cuando se trata de privatizar servicios públicos, especular en los mercados financieros o negociar los sueldos y condiciones laborales, luego pretende controlar los mercados a su favor mediante el uso de artimañas legales como las patentes, el control de inmigración (que pone freno a la libre circulación de capital humano), la legislación aplicada con doble rasero, los impuestos sobre actividades económicas (que hunden a las nuevas y pequeñas empresas y favorecen la creación y mantenimiento de oligopolios) y otras tantas...

Julio