Aún no he probado Gentoo (aunque ahora que lo conozco, pienso hacerlo). Pero si dice que está basado en el sistema de ports de FreeBSD, con estos paquetes se refiere a todo un árbol de directorios (uno por paquete), donde en cada uno hay un fichero Makefile (y alguna otra cosa más necesaria para la compilación en ese sistema). Nada más. Al instalar un paquete, con make install, las dependencias de éste Makefile obligan a descargar el fichero (u obtenerlo de otras fuentes, según se configure el Makefile principal), descomprimirlo, aplicar los parches para el sistema, compilarlo, e instalarlo. Todo ello automáticamente. :) Es una gozada.
Los ports sólo traen lo necesario para compilar
(Puntos:1)( http://www.h1labs.com/ )