Barrapunto

No estoy muy de acuerdo con lo que dices acerca de la estructura de directorios.
El directorio /etc en freebsd es para los archivos de configuración del sistema operativo. /usr/local/etc ( Y todo /usr/local/ )
son para programas adicionales que no están en el sistema operativo base, y que se instalan a traves de los ports por ejemplo Apache. A mi entender es una forma más limpia de organizar los archivos.