Barrapunto

...o bien guardarse como variables de sesión...
Vaya, justamente eso. JSP cuenta con un sistema de gestión sesiones como Dios manda, mientras que con el session_start(), $_SESSION y cia, te tiés que encomendar a Dios para que funcione. Y si lo que quieres pasar a $_SESSION son objetos, ya ni te cuento.
Pa mi gusto casi has dao con uno de los puntos debiles macho.

Es fácil que te funcione la persistencia de datos con PHP. Abres el soporte de sesión en la página que quieras con session_start() o en el php.ini activas por defecto esta opción y te ahorras las llamadas en todas las páginas. Ahora, todos los valores que asignes en el array $_SESSION se guardan. Los objetos no son valores, por tanto, directamente no los puedes almacenar.

De todas formas, quizás te entiendo incorrectamente, ¿a qué te refieres con que es difícil de hacerlo funcionar?