Barrapunto

Rectifico en lo reescribir las pilas, tienes razón ya hay pilas ipv6, pero no es escribir una pila y ya está ,todo como la seda(ojala fuese asi pero no suele pasar).No se puede pasar de la noche a la mañana de un estandar a otro .Como cualquier programa necesita ser probado y reprobado , ser tan usado como los es ahora ipv4 para descubrir lo que va bien y lo que no y que alcance la madurez necesaria.

En lo de seguridad, pues lo mismo que arriba es algo nuevo y critico dentro de un so, y necesita mucho rodaje y en ese rodaje apareceran fallos (ojala no).

En lo de imconpatibilidades
una es que a veces las especificaciones de los protocolos no son todo lo especificas que deberian ser cuando salen precisamente porque son nuevas y no se sabe que problemas o dudas pueden aparecer, que luego, como ya paso en protocolos y estandares anteriores, se van resolviendo con nuevas especificaciones.( lo puedes ver en los rfs para mogollon de cosas, primero sacan y rfc sobre algo, luego aparece otro que aclara cierta duda sobre un tema del anterior y asi..)
y la otra es que las empresas no suelen seguir las especificaciones al pie de la letra y en algunos casos mas bien pasan de ellas y luego aparecen problemas.Como ejemplo tienes la pila ipv4 que sin llegar a ser incompatible, ni mucho menos, difiere mucho de unos sistemas operativos a otros, y no todas las implementaciones siguen el estandar, lo cual es usado por algunos programas como nmap para descubrir segun ,sea la respuesta o la no respuesta a ciertos paquetes ip, el so de un ordenador.

Y eso, hay que ponerse en marcha ya para que ipv6 nos muestre todo lo que vale lo antes posible.

Hace años que se usa IPv6. De forma experimental, en muchos casos, mediante túneles por IPv4. Aunque hay ya unas pocas troncales en IPv6.
El software en Linux y Unix en general está bastante probado. Incluso mi PDA en Linux puede utilizar IPv6.
En Windows no sé que tal funcionará. Si es como todo lo que hace Micro$oft, tendrá varios millones de líneas de código de estupendas 'features', especialmente diseñadas para el usuario no técnico, que habrá que depurar....