Barrapunto

Una explicación sencilla: Si el disco fuese una libreta, ese espacio se lo estarían comiento las cabeceras y fines de página, los números de página, las páginas de principio de capítulo, y los índices.
En los discos pasa lo mismo, ese espacio está ocupado (una vez q lo formateas) por el sistema de ficheros, que aún no tiene datos, pero ya está organizado para que puedas grabarlos. Esa organización ocupa espacio.
Con palabros (inodos y esas cosas) otro lo explicará mejor que yo =)

La respuesta a lo que plantea es lo que ya dicen más abajo sobre los truquitos de los fabricantes.

A eso hay que añadir lo que dices, la sobrecarga del FS, que deja el espacio efectivo en algo menos o en muchisimo menos, dependiendo de la fragmentación interna y externa -aquí es donde entran en juego cosas como el tamaño y tablas de inodos- y de si usa journaling, y en algunos casos nada más formatear parece no existir sobrecarga, pero se va notando a medida que llenas el disco.

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