Barrapunto

La contraseña de root no esta almacenada, es su hash el que esta almacenado.

Pero para la encriptacion no sirve un hash: se necesita la clave original (la unica si es encriptacion simetrica, la privada por lo menos si es asimetrica). Y en este caso se plantea la duda:
1- Si usan la clave de login, esta se puede rebentar por diccionario o incluso fuerza bruta en un tiempo razonable.
2- Si usan una clave criptograficamente fuerte (aka aleatoria) de 128 bits... esta se tiene que guardar en el disco (no va a aprendersela de memoria el usuario). Por lo que esta muy accesible. Se puede protejer encriptandola a su vez con el password del usuario, pero volvemos a estar en las mismas que en el punto 1.