Barrapunto

Po si, los JPG no soportan canales alfa, en eso tienes razón. Casi nunca se usan (al menos en texturas para obejtos 3D), pero en algunas ocasiones son muy útiles. En cuanto a la pérdida de calidad, si no te pasas con el nivel de compresión, no se nota.

Hace tiempos hacía mapas para Quake 3. Excepto las texturas que usaban canales alfa, el resto estaban todas en JPG. Al ocupar menos, puedes usar texturas de mayor resolución, por lo que el resultado final es mejor. y era muy difícil ver algún artefacto de compresión.

Algunos juegos más modernos como el Unreal 2 guardan las texturas en S3TC, que tiene la ventaja de que si la tarjeta gráfica es lo suficientemente moderna, puede realizar la descompresión por hardware en tiempo real.

Ojo, que todo esto es sólo para gráficos 3D, si vas a trabajar en 2D probablemente no sirva.