Barrapunto

En gtk, al menos la versión 1, se puede hacer lo mismo que en windows. Pero ya lo sabían cuando las diseñaron y por eso las aplicaciones Gtk no pueden usar el bit suid para ejecutarse como usuario root.

De todos modos en unix se suele separar la parte servidor de la interfaz gráfica de configuración para que se ejecuten en procesos y usuarios diferentes. Aunque claro, si vienen programadores de windows con sus ideas y forma de programar es posible que haya programas con interfaz gráfica que se ejecuten como root y puedan traer los mismos fallos que en windows.

Y consiste en el sistema de autentificación:
si tienes XAUTH activado tus ventanas no admiten
eventos de ninguna otra ventana a menos que sean
generados por el mismo usuario y en la misma sesión.

Claro, que siempre somos tan gilip.. de tener puesto "xhost +" en el bashrc, y claro, así nos va...

Además, las últimas versiones de X soportan múltiples sistemas de autentificación...

O sea, que la respuesta es un SI bien gordo