Barrapunto

Yo también me sé una solución del mismo estilo que la tuya:

Al igual que la tuya, tiene algún efecto lateral, pero seguro que sabréis como solucionarlo...

<ironía off>

Primero eso de que no hay que eliminar las líneas con # enmedio es una restricción tuya. ¿no has visto nunca comentarios así $i++; #incremento $i?.

Además de eso, tu solución no resuelve el problema que se "debate" en este hilo(que no flame). Hacer $ grep -v '^#' fichero >fichero tiene el mismo problema que la primera solución que se propone, ya que te pules parte del fichero al hacer la redirección (el fopen() "trunca" el fichero).

Perdona la ironía, pero es que has entrado un poco "sobrao"...