Barrapunto

El nombre :)

y uno es Unix (FreeBSD)y el otro es un clon que imita bastante bien a Unix (Linux): diferencias brutales en la arquitectura del kernel.

por otro lado FreeBSD viene de la rama BSD, y Linux viene de por ahí y coge lo mejor de cada rama (System V y BSD) (ejemplo: FreeBSD no tiene runlevels, y Linux sí)

por último FreeBSD aporta su propia librería C mientras que Linux tira de las glibc (aunque los dos tiran del gcc como compilador de C)

y la más importante: el logotipo de Linux es un pingüino psicodélico y el logotipo de FreeBSD es un diablillo cachondon con forca y todo.

hay otras diferencias, pero me he cansado...