Barrapunto

"pero el problema viene cuando quieres instalar un paquete que no esté en ningún repositorio (o alguna versión versión disitinta), es ahí cuando los sitemas de los que hablas dejan de valer"

Pues en lugar de pagar la licencia del instalador ése, aprender a manejarlo y asegurar a todos sus usuarios un montón de problemas en un futuro, que dediquen ese tiempo a aprender a manejar los gestores de paquetes de las distribuciones más utilizadas o, mejor aún, que hagan software libre y ya se encargarán otros de integrarlo en su distribución favorita.

"...y comienza el infierno de resolver las dependencias a mano. En estos casos un instalador si podría servir de ayuda."

Que tú no sepas cómo funcionan "las tripas" de los diversos gestores de paquetes, no es ningún problema: si no eres desarrollador, ni ayudas a empaquetes, ¿a qué fin ibas a saberlo? Pero si te dedicas profesionalmente al desarrollo de software, tu equipo (digamos, la "inteligencia colectiva" de tu equipo de desarrollo) no tendrá problemas con eso, no al menos, si es competente, y no necesitará el instalador ése para nada, ni gratis ni pagando (¿puede haber un concepto más equivocado en un entorno Linux que el de esta gente?).

umm ...
 
dpkg -i --force-all {paquetito que no está en repositorio}.deb

apt-get -f install
 
Si las dependencias están localizadas en tu sources.list, todo resuelto, sino lo están, puede que el programa no sea tan "limpio" de instalar, incluso si tuviese instalador propio.