Barrapunto

No sé a qué te refieres exactamente pero los directorios de unix /bin /usr/bin /var /usr/share /home tienen toda la lógica del mundo. Gracias a esa división puedes montar en sólo lectura /usr, dejar en modo lectura-escritura /var y /home o saber que aunque desmontes todo siempre vas a tener el sistema mínimo arrancable gracias a que los ficheros que están en /bin no dependen de ninguna librería más.

Windows, hasta donde yo sé, no dispone de esta flexibilidad ni estructura organizada.