Barrapunto

Raramente una distribución tiene que modificar la ubicación de un archivo de configuración, y cuando lo hace (por ejemplo, un archivo de configuración jamás debería estar fuera de /etc), siempre redunda en mayor lógica.
Siempre redunda en una mayor lógica? Con respecto a qué? Lo lógico si se sigue el FHS es seguir el FHS, entonces cualquier cambio es ilógico. Y si RH cambió a mayor lógica y Debian cambió a otra mayor lógica cuál es más mayor lógica?

Si lees la especificación verás que se pueden hacer muchas virguerías aprovechándolo, como compartir el /usr entre distintas máquinas, para que al actualizar una, se actualicen todas.
El /usr no se puede compartir porque tiene ficheros dependientes de la arquitectura. Los que se pueden compartir son los share (/usr/share, /usr/local/share), como su propio nombre indica.

Los datos variables en /var, la configuración en /etc.
El problema es cuando alguien los cambia para mayor lógica y ya no sabes donde están.

Siempre redunda en una mayor lógica? Con respecto a qué? Lo lógico si se sigue el FHS es seguir el FHS, entonces cualquier cambio es ilógico. Y si RH cambió a mayor lógica y Debian cambió a otra mayor lógica cuál es más mayor lógica?

Que ganas de marear la perdiz. Jamás he instalado Apache desde las fuentes, pero en algún libro que he visto, habla de tener el DocumentRoot en /usr/local/apache/htdocs al compilarlo. ¿Te parece que eso tenga sentido? Ninguna distribución pondrá el DocumentRoot ahí.

El /usr no se puede compartir porque tiene ficheros dependientes de la arquitectura. Los que se pueden compartir son los share (/usr/share, /usr/local/share), como su propio nombre indica.

Léelo como quieras. El /usr se puede compartir entre máquinas de la misma arquitectura (algo muy común), y si tienes de distintas arquitecturas, sólo el /usr/share. Yo veo la botella medio llena. También se puede aprovechar para montar en sólo lectura, y sacar alguna ventaja en seguridad.

PD: ¿Y cuales son las ventajas de la estructuración de archivos de MSDOS? Todavía nadie ha hecho un sólo comentario positivo.