Barrapunto

Por ejemplo, suponiendo que ese usuario necesita un programa de diseño vectorial. Desde el momento que "elige" entre, por ejemplo, Illustrator o FreeHand ya está "configurando" (por llamarlo de alguna forma) el ordenador a sus necesidades.

Lo mismo sería extrapolable a Linux y a los escritorios: un usuario instala una distribución de Linux (para usar como herramienta de trabajo) y ve tres opciones en la ventana de inicio: "Gnome", "Kde", "IceWM".
Antes de nada no le constaría nada probar las tres y ver cuál le resulta más cómoda para su trabajo (desde gestores de archivos, usabilidad, programas básicos...).
Una vez que ha escogido uno e incluso configurado a su gusto, pues ya puede trabajar cómodamente con la aplicación que sea. Creo que es mejor que conformarse con el que esté por defecto aunque vaya lento o te resulte incómodo...

No estoy hablando de compilar kernels ni de administrar sistemas, sino de probar y elegir lo que te da tu distribución.