Barrapunto

Mi opinión es que el problema es que se abusa exageradamente de flash.
Es un entorno muy interesante para generar contenidos dinámicos e interactivos en la web que no se pueden hacer tan solo con HTML, CSS y Javascript, como por ejemplo juegos [minijuegos.com]. Además, lo hace de una forma sencilla, que permite que no se necesiten unos conocimientos de programación muy extensos para hacer algo útil, y por otra parte es más portable que un ActiveX.

Pero EMHO, no se debería utilizar para generar el layout principal de una web, por varios motivos.

El primero es que hace mucho más lento de la página de lo que esta sería si estuviese hecha usando HTML+CSSs (+Javascript si la interactividad deseada es compleja).
Además, es necesario un software adicional para ejecutarlo, con lo cual negamos la navegabilidad por nuestra web a los usuarios que no dispongan de él.

Otro aspecto importante, sin duda, es que como no se puede sacar información de la película flash, los buscadores no pueden indexar bien la web. Además, otro efecto de esto es que la accesibilidad de la web es muy limitada, pues los navegadores no pueden interpretarlo directamente y presentarlo en otro formato ( por ejemplo sintetizarlo en voz para personas ciegas ).

En definitiva, bién para crear componentes adicionales de una web, como juegos, publicidad, o contenidos multimedia, mal para crear la estructura de una web.