Yo eso, en parte, lo hacía con privoxy. Permite mediante expresiones regulares quitar código de la página. Lo utilizaba para quitar funciones de Javascript que creaban popups o escalaban ventanas. Además de arreglar páginas que incrustaban objetos flash de forma incompatible con Mozilla.
Al venir Mozilla con plugins que hacían lo mismo dejé de usarlo.
Otro ejemplo del uso de privoxy para cambiar el aspecto de páginas son estos cambios a slashdot [dessent.net]
Re:Adios a las incompatibilidades
(Puntos:3, Informativo)( http://helvete.escomposlinux.org/ )
Otro ejemplo del uso de privoxy para cambiar el aspecto de páginas son estos cambios a slashdot [dessent.net]