Barrapunto

Editor de configuracion (gconf) -> apps -> nautilus -> preferences -> always_use_browser

Ya claro, facilísimo y superintuitivo para un usuario corriente... vamos, y ahora podemos añadir eso de que si no le gusta puede modificar el código del programa para que funcione como le gusta... en fin... que todas las personas deberían ser libres pero no todas tienen porque saber programación en Gtk o rebuscar opciones recónditas en un tal "gconf"...

Yo uso KDE, pero hace poco probé Ubuntu y me gustó, excepto por el tema de los 8000 nautilus que se abren para llegar a cualquier fichero que busque.

Seamos sinceros, seguro que eso de "gconf" soluciona el problema, seguro que parchear el Nautilos también... pero no podemos considerar evidente que cualquier usuario deba indagar tanto (que si google, que si miles de submenús de configuración...) para solucionar un problema tan trivial. Más que nada porque se supone que sólo es un maldito gestor de ficheros, que debe ser sencillo e intuitivo, nada más, que no es un programa de simulación de seísmos en línea de comandos.

Esa es la manera rebuscada.

La manera fácil, intuitiva y obvia:
-Haces click en Sistema, Preferencias, Administrador de Archivos (o, simplemente, en Nautilus haz click en Editar, Preferencias)
-En la pestaña "Comportamiento" marca "Siempre abrir en una ventana de navegador"

Así que de difícil nada. ¿Acaso en el administrador de archivos de windows no tienes que configurar que se vean los ocultos y los de sistema, que no quite extensiones de los archivos, que muestre rutas completas, y mil cosas más?