Barrapunto

Por lo pronto podemos hablar de rendimiento. Java es un lenguaje compilado y php interpretado.

Por otro lado, java es un estándar y php no. Es decir, detrás del j2ee existen muchas empresas (y muy gordas) que intentan estandarizar, tanto en implementación como en arquitectura, el diseño de aplicaciones (no sólo webs) empresariales.
Dentro de esta estandarización se tocan temas de todo tipo, como balanceo de cargas para aplicaciones con mucha carga, ejecución de transacciones, acceso de base de datos y persistencias, uso de pools, métodos de autorización y autentificación, formas de puesta en marcha de aplicaciones, especificaciones de servidores de aplicaciones, y un sin fin de etcs.

Para más información sobre el tema tienes muchos enlaces:
http://java.sun.com/reference/api/index.html
http://java.sun.com/
http://www.jcp.org/en/home/index


Debido a lo dicho anteriormente, de php sólo existe una implementación. Si te gusta la usas y si no programas en otra cosa.
En java, programas en java y usas la implementación de j2ee o sólo del jre que quieras, que más te guste, comercial o gratuita, que mejor rendimiento de en tu sistema, etc... Y odo sin cambiar una sola línea de código.

Mucha gente piensa que java es sun, y está muy confundida.
Aquí va una web en la que se listan implementaciones del jdk y cuenta la historia de java:
http://www.dwheeler.com/java-imp.html (Faltan algunas implementacines en su lista, como esta: http://www.blackdown.org/).

Existen más motivos por los que para amplicaciones en las que te juegues algo debas emplear java en vez de php (para un portal de jueguecitos hace falta). Busca en la web de java (http://java.sun.com/) para informarte, por ejemplo. PD. Antes de que alguien salte, como en otra ocasión, que decían no se que chorradas de que un compilador era algo que cogía un fuente y generaba otra cosa, aunque no fuera un ejecutable binario:
http://es.wikipedia.org/wiki/Compilaci%C3%B3n y http://www.brujula.net/wiki/Compilaci%C3%B3n.html
Es decir, que php (aunque mucha gente en blogs y wikis digan otra cosa) no es un lenguaje compilado ya que no genera bytecode.

En http://www.jcp.org/en/participation/members puede encontrar las empresas que forman parte del comite de estándares de java.
Puedes encontrar empresas como Oracle, Intel, IBM, Vodafone, Adobe Systems, Autodesk, BEA Systems, Borland, etc................