Barrapunto

Muy sencillo.

Según la teoría de la evolución tal y como se entiende hoy (mutaciones aleatorias) no existe causalidad alguna.

Es decir que los genes que suponemos no usamos están porque están, no tienen ningún motivo que se explique.
¿Por qué tenemos apéndice, si no lo usamos?

Un ejemplo extremo:

Las jirafas no tienen el cuello largo para alcanzar los árboles. Tienen el cuello largo (o mejor dicho, abundan jirafas con cuello largo) porque el que una mutación se lo diera les hizo prevalecer sobre las que carecían de él, que sólo podían alimentarse de vegetación baja.

Si alguien pregunta por qué no tenemos constancia de esas "girafas de cuello corto", la tenemos (búsquese sobre la familia de los jiráfidos, o más concretamente el okapi).
Y aún más. Con tanto dinosaurio como se documenta, y se estima que sólo conocemos el 1% de las especies que existieron, y de muchas de éstas carecemos del esqueleto completo...

Un gen podrá tener un objetivo (p.ej. los que nos hacen vulnerables a ciertas enfermedades) o no, y se investigará, pero nunca se puede pretender que todo tiene una causa, porque no es así más allá del azar.