Barrapunto

usa el paralelo, puesto que puedes leer un bit de datos asíncronamente, y es mas facil conectarlo a un interruptor (yo haría un driver con un relé cerca del pc y la célula fotoeléctrica lejos del pc, aguanta 100m de cable fijo). tienes 8 líneas de datos, en paralelo. necesitarías solo 2.
el puerto serie tiene unos protocolos, bit de start, bit de stop, velocidades... y por tanto no sirve para esta clase de medidas.
cualquier lenguaje que te permita leer un carácter el puerto paralelo te servirá, pero mejor que funcione por interrupciones.
ah! y funciona a 5 V

aunque esa medida de 100m que dices.. conduce a una primera impresión de que la quieres emplear para medirte en los 100m lisos. por que tener 100 metros de cable si puedes poner el pc en medio y tener 50 metros (para la salida y la llegada)?

Ya lo habia pensado :) solo que yo pensaba en medir hasta 200m, ;) por lo cual necesitaria casi 100 m por cada lado.

Creo que miraré unos timbres inalambricos baratos para que las celulas activen el timbre, y el timbre active un relé o un optoacoplador en el puerto serie.