Barrapunto

Depende de a qué le llames "funcionamiento del sistema". Para compilar programas, ejecutar macros de m4, comprimir con tar y hacer muchos greps y escripts de bash, claro, KDE sobra.
Para hacer algo en modo gráfico (todo un lujazo en 2006), GNU proporciona... ni un servidor X. GNU no es capaz por sí solo de, en el siglo veintiuno, proporcionar un entorno gráfico (no hablo ya de aplicaciones) y tu único argumento es "esto no es windows".
Que "esto no es windows" es algo más que evidente, de que ahí a que GNU sea algo útil para el 99% por ciento de la gente, va mucho más.
Pero siguiendo tu estúpido razonamiento, te diré que nadie dice que a KDE se le tenga que llamar Qt/KDE y las Qt son más importantes en KDE que las herramientas GNU en cualquier linux (y sigue sin ser windows).