Barrapunto

pues sinceramente, si lo que quieres es aprender PHP y mySQL, es un proyecto personal y todo eso, lo mejor que puedes hacer es empezar tu desde 0

por supuesto que lo que hagas quizas no sea optimo y tenga fallos, pero si lo que quieres es aprender, me parece totalmente logico y normal, ya iras aprendiendo y mejorando con la experiencia

instalar y configurar mySQL es muy sencillo y en su pagina tienen un tutorial [mysql.com] paso a paso para windows, linux y osx, incluso te vienen consejos sobre como crear otros usuarios con los minimos privilegios y todo eso (que no creo que necesites, ya que tienes experiencia, y parece que bastante, en otras BBDD)

en cuanto al PHP, tendrias que instalar apache y luego PHP, otra vez en cada una de sus paginas tienen tutoriales faciles de seguir de como hacer esto (apache [apache.org] y PHP [php.net])

te aseguro que, en total, puedes tardar una hora en tenerlo todo instalado y corriendo, seguramente muchisimo menos

ahora, en cuanto a la programacion, para acceder a la base de datos con php te vale con:

  $connection = mysql_connect("url de la bbdd",
                                                        "usuario",
                                                        "contrasenia");
  mysql_select_db("nombre de la bbdd", $connection);

a partir de ahi, tienes muchos tutoriales en la pagina de php o por internet, a mi me gusta mucho la pagina w3schools y tienen un tutorial [w3schools.com] con bastante info

una vez hayas hecho tus pinitos, sepas mas o menos moverte entre la documentacion de php y demas, podras meterte a mirar otros proyectos hechos, sabiendo, mas o menos, para que es cada cosa.

otra alternativa es que te mires el DBDesigner [fabforce.net], es una herramienta CASE para disenio de bases de datos en mySQL, esta algo anticuada porque el proyecto se continuo en mySQLworkbench [mysql.com], que es una herramienta "oficial" de mySQL (por cierto, como herramientas gratuitas para trabajar con mySQL, estas me parecen estupendas)

la razon de que te recomiende la version antigua es porque venia un plugin para crear aplicaciones CRUD en PHP a partir de un disenio de bbdd (plugin que no he visto en las nuevas versiones), asi que ya que no encuentras un proyecto suficientemente sencillo como para empezar a mirarlo, puedes hacerlo tu, diseniate la bbdd, genera la aplicacion y mira a ver como esta hecha, ademas, tendras libertad absoluta para jugar y cambiar lo que sea, sabiendo que con solo darle a un boton y re-generar la aplicacion, estaras donde empezaste

Mil gracias por la ayuda :)
Siguiendo tu recomendación empezaré como tu has dicho, de 0. Ya estoy acostumbrado a tener que buscarme la vida, así que las dudas que me surjan de MySQL y de PHP no creo que vayan a ser tan complicadas que no encuentre la solución googleando un poco.
Había pensado en usar algún "instalador" tipo WAmp, al menos para no complicarme la vida al principio, y después instalar las versiones "oficiales" de PHP y MySQL en Linux cuando tuviera más "experiencia" con ellos. ¿Recomiendas que instale directamente PHP/MySQL a pelo? ¿Que te parecen los instaladores como Wamp?
De nuevo, muchas gracias :)