Barrapunto

va a ser en reescribir todo despues de tener un engendro insostenible.
precisamente eso que dices que te va a llevar mas tiempo son cosas que deberian quedar fuera de esos calculos, ya que no son más que las herramientas para hacer el trabajo real.

creo que tienes por delante dos cosas bien diferenciadas en las que trabajar (y aprender); por un lado el diseño de la aplicacion: modelos de datos, patrones de diseño..., por otro, las propias herramientas para realizarla: php, base de datos, html,...
Nunca olvides que éstas últimas son sólo un medio para las primeras, y que los buenos diseños y las buenas costumbres se aprenden a base de prueba y error.

El MER, el modelo de datos, etc, es decir el diseño y trabajo "real" ya lo tengo listo.

Solo necesito como tú dices "las herramientas". Y no quiero tirarme mucho tiempo para pillar "sus cosas", y la mejor forma de aprender es... practicando. Como ya he dicho es un proyecto personal, no muy grande, y quiero usarlo para aprender más de PHP/MySQL.

Para proyecto mínimamente grandes los del curro: trabajo con bases de datos de decenas de tablas cada una, cientos de miles de registros, tablas con triggers recursivos que mantienen complejas estructuras de árbol, stored procedures de miles de lineas de T-SQL, etc. Y a parte la parte de "programación", que tampoco es moco de pavo: librerías que permiten conexiones con 9 GDS de turismo (hoteles, cruceros, vuelos), implantaciones OTA, sistemas de internacionalización de la aplicación, etc.

No te preocupes, que se a lo que te refieres con un buen diseño para evitar un engendro insostenible ;) De momento quiero algo para empezar a toquetear PHP/MySQL y después que "domine" un poco eso ya me pasaré a cosas complejas (como ver el codigo fuente de meneame xD)