Barrapunto

El MER, el modelo de datos, etc, es decir el diseño y trabajo "real" ya lo tengo listo.

Solo necesito como tú dices "las herramientas". Y no quiero tirarme mucho tiempo para pillar "sus cosas", y la mejor forma de aprender es... practicando. Como ya he dicho es un proyecto personal, no muy grande, y quiero usarlo para aprender más de PHP/MySQL.

Para proyecto mínimamente grandes los del curro: trabajo con bases de datos de decenas de tablas cada una, cientos de miles de registros, tablas con triggers recursivos que mantienen complejas estructuras de árbol, stored procedures de miles de lineas de T-SQL, etc. Y a parte la parte de "programación", que tampoco es moco de pavo: librerías que permiten conexiones con 9 GDS de turismo (hoteles, cruceros, vuelos), implantaciones OTA, sistemas de internacionalización de la aplicación, etc.

No te preocupes, que se a lo que te refieres con un buen diseño para evitar un engendro insostenible ;) De momento quiero algo para empezar a toquetear PHP/MySQL y después que "domine" un poco eso ya me pasaré a cosas complejas (como ver el codigo fuente de meneame xD)

No viene a cuento, pero ya que lo mencionas... te has equivocado totalmente. Soy ingeniero y trabajo con .NET, entre otras cosas he trabajo con integraciones XML de touroperadores (como ATi [el único con los que he trabajado que sigue el standard OTA], Gullivers, Tourico, Hotelbeds, Mark Travel, etc).
Si hago esto es por hobby. Y si alguien me dijera que mejor viera Ruby porque plantea un paradigma de programación "distinto" al de un lenguaje como PHP, etc... pues le haría caso. De hecho aprender Ruby es otra de las cosas que tengo en la lista de "things to do".