Barrapunto

"puede que haya fenómenos que no pasen siempre"

Precisamente la ciencia se basa en que el universo sigue una estricta relación causa-efecto. Si un efecto aparece a veces, es que no conocemos bien la causa o que la causa tambien aparece a veces. Si como fenómeno consideras "llover", esta claro que no siempre llueve. Pero si consideras "mojarse el suelo cuando llueve", pasa absolutamente siempre.

"Nos guste o no, desconocemos gran parte de los fenómenos que ocurren a nuestro alrededor. Es más lo desconocido que lo conocido"

A mi me gustaría que fuese así, que desconocieramos gran parte de lo que ocurre. Y supongo que a la mayoría de los científicos también, así hay más cosas por descubrir. Pero la AplastanteRealidad(TM) no es esa, la verdad es que los sucesos comunes estan todos perfectamente explicados y comprendidos. A no ser que nos metamos en cosmologia o física cuántica, el resto de las ramas han progresado lo suficiente como para poder explicar casi todo.

"si las nuevas teorías desplazan las anteriores"

Para que una teoria desplace a otra, tiene que ser capaz de explicar todo lo que la "vieja" explicaba, predecir lo mismo con igual o mejor precisión. No puedo venir de guay y decir "ey, el modelo atómico está mal, yo tengo otra teoria", a que también explique toda la química, física nuclear, modelo de partículas... tan bien como el modelo actual.

En resumen, tu argumento tiene demasiadas dosis de magufismo. Tipico empapar el discurso con palabras como "teoria", "método científico", "avance de la ciencia"... para luego intentar colar cualquier cosa.