Barrapunto

Poder, se puede por dos caminos al menos con Gambas:

1) Si usas QT, el componente gb.qt.kde incluye el navegador Konqueror como componente, y si Konqueror está configurado para usar el plugin de Flash, lo podrás utilizar a tal efecto.

2) Utilizar Gnash como reproductor "stand-alone", y embeberlo con el control "Plugin" tomando el Id de la ventana.

Ahora bien, el control ActiveX que utilicé hace años, recibía eventos de click desde Flash a VB, si es lo que necesitas, ahí no lo vas a poder emular.

¿Y quitar Flash de la aplicación? Porque si por el contrario es tan necesario para el programa, la alternativa web sería la más sencilla.

Si tienes los fuentes del programa sería mejor que utilizases Gamba y rehicieras solo la parte que llama a Flash. De esa forma no tendrías que hacer esperar a los usuarios que son los que mandan al final y te ahorrarías muchos quebraderos de cabeza.
Si quieres hacerlo de nuevo o no dispones de fuentes lo más cómodo creo que sería Java. Podrías hacer partes y que ciertos usuarios lo probasen en sus equipos Windows. Cuando tuvieses todo el programa desarrollado podrías trasladar a los usuarios a Linux.
La otra opción que no has considerado, aunque es un poco más complicada, es hacer la aplicación bajo web. De esa forma te daría igual qué usasen tus usuarios.

* Gambas tiene la ventaja de que importa los formularios hechos en VB6, y que se parece bastante a BASIC y a VB. Pero sólo funciona con GNU/Linux.
* Python tiene la ventaja de que es multi-plataforma, por lo que tu trabajo servirá para más S. operativos. Dispone de una utilidad para importar formularios de VB6 y para importar proyectos enteros, aunque como siempre, tendrás que retocar el código para que funcione. En este caso has de instalar vb2py y sus dependencias.
* Freebasic no es tampoco mala opción. Su lenguaje es el más parecido a VB, y su velocidad de ejcución es casi de "C", incluso existe un programa para importar proyectos de VB6. El problema es que sus entornos de desarrollo están en una fase inicial, y no son tan cómodos como el de Gambas, ni como algunos de los existentes para Python.
* KBasic sería el mejor, pues importa proyectos enteros de VB6 y es multi-plataforma, pero no funciona aún muy bien que digamos, peta constantemente.
* Semplice: Un proyecto de SUN que permite ejecutar proyectos VB6 en la máquina Virtual de Java; salvo VBX y tal... pero ha sido misteriosamente abandonado.
Menos mal que es un programa pequeño, por lo que no se trata de una decisión trascendental. ;-)

Si decides usar mono, sobre el flash no sabría ayudarte, pero no necesitase el glade para crearte las interfaces gráficas. Dentro del Monodevelop nos encontramos con el [monodevelop.com]Stetic [mono-project.com] con el que desarrollar interfaces gráficas de forma muy cómoda.

¿No seria mas barato usar Wine o algo así?, quizá no sea una opción valida, pero si funciona, sería lo más facil sin duda.