Barrapunto

Cualquier sistema basado en dependencias de librerías acaba (con el tiempo) en un estrepitoso error imposible de sostener. La visión de "componentes software" que Microsoft intentó crear con sus ActiveX con "objetos que dependían de Objetos" y antes de eso con las DLL condujo al conocido "infierno-de-las-librerías". La filosofía ha cambiado hacia "que en un paquete de programa lleve todo lo que necesite" aunque eso sea duplicar librerías ...
Porque tú lo digas. Cuando necesites 20 teras de ram para correr cuatro programas hablamos. Seguro que Bill ya ha eliminado las DLL de su W7.

Y lo de un árbol de directorios por aplicación ya es de coña....

Tienes futuro como diseñador de S.O.

Mac OSX funciona aproximadamente así (las aplicaciones son directorios que contienen sus ejecutables, sus recursos y librerías, con alguna excepción). GNU NextStep también va por ese camino.

No es una idea de locos. Sólo hay que saber llevarla al punto adecuado (en MacOS existen los "frameworks", que están fuera de /Applications y suelen ser compartidos, por ejemplo).