Barrapunto

a) Usar preupgrade, que está volviéndose cada vez más confiable de versión a versión.

b) Mantener tu /home en una partición separada y formatear/reinstalar tu partición raíz. Luego reinstalas los programas que tenías y las configuraciones se mantendrán (si es que estaban en /home).

Personalmente uso la opción b) desde hace ya varios años.