Barrapunto

Vamos a ver, señor ofendido.

Lo que haces cuando pulsas el botón rojo, es cerrar ESA ventana. Más simple, imposible.
Eso que dices que "se envía al dock", no es así, no se envía, ni se minimiza ni ná, sino que el proceso continúa funcionando y te informa de ello, no has terminado el proceso (la aplicación o como lo quieras llamar) solo has terminado la "forma visual" de ésta, la ventana (o una de las muchas formas visuales que pudiera tener la susodicha aplicación).

Cuando vuelvas a pulsar el icono del dock, "generas" una nueva instancia de la forma visual (ventana) del proceso. No abres de nuevo la aplicación (comprobable fácilmente porque la ventana se crea en décimas de segundo respecto a lo que tardaría abrir de nuevas la aplicación).

Para matar el proceso, por completo, hay múltiples formas, que dado que supongo nunca vas a usar un sistema OSX, no te interesan.

Los botones esos de colores manipulan las ventanas, no las aplicaciones/procesos.

Juraría que en los sistemas de ventanas de Linux esto es así también de toda la vida. Y si no lo es posiblemente sea configurable o dependa del gestor de ventanas que estés usando.