Barrapunto

Ya me imagino al usuario medio si Windows hiciese eso: ¡vaya mierda el Güindoul este, que me mueve el contenido de la ventana que no tengo seleccionada!
Así que no, no es un bug sino una feature. Porque, como ya te han dicho, eso depende del programador más que del sistema (prueba por ejemplo con el Administrador de tareas).
Además, ¿por qué no ajustas el tamaño de las ventanas para ver ambas a la vez? Si quieres cambiar a la otra, un click y mueves la rueda del ratón para desplazarte por la venta. Cuando quieras volver a la anterior, click y mueves otra vez la rueda. Ya ves qué dificil.
Tanto que criticáis que en Linush no se hacen las cosas "mal", sino distinto, pues aplica el cuento ahora. :)

PD: ya que tantísimo lo necesitas, baja esto [forthnet.gr].
Y no te preocupes por la compatibilidad, que no tendrás problemas de dependencias (sólo es una aplicación de menos de 100 KB) y podrás usarlo tanto en 95 como en 7 y todos los intermedios (ya sabes, otras dos de esas malditas carencias de Windows que no están en otros sistemas).

No, no es cosa del programador. El usuario puede querer tener una aplicación siempre encima aunque el programador de la aplicación no haya pensado en eso.

Es cosa del gestor de ventanas, que debería permitirte manejar tus ventanas de la forma más flexible.

De lo que se trata es de poder tener seleccionada la ventana que está DEBAJO, de forma que puedes utilizar la aplicación de de abajo mientras observas el funcionamiento de la aplicación de arriba. Y por supuesto, cambiar de una a otra con un 'click'.