Barrapunto

En mi opinión no hay un máster "mejor" de por sí, sino que son dos másters diferentes para gente y situaciones diferentes - más por cuestiones organizativas (del alumno) que de los másters en sí. Esquemáticamente:

A favor de los dos:

* Son títulos oficiales.
* No son nuevos. El de la UOC leva en marcha 7 años con éxito (más de 400 estudiantes en total). El de la URJC lleva en marcha, aunque fuera todavía no oficial, 3 años (con 30 alumnos en total)
* Los egresados de ambos salen con amplios conocimientos sobre software libre (no sólo el producto, sino todo el mundillo).
* En ambos hay posibilidades de becas.
* Colaboran entre sí (y con otras universidad europeas).

A favor UOC:

* Completamente on-line. Puedes organizarte el tiempo como quieras, desde donde quieras.
* Tiene más optatividad. Puedes especializarte más.
* Tiene materiales compactos y completos.

A favor URJC:

* Es semi-presencial, ya que combina presencialidad con cuestiones a distancia.
* Estás más orientado a la comunidad. El profesorado es parte de la comunidad del software libre y vienen muchos invitados a mostrar cómo funciona el mundillo. Sales con contactos - muchos de ellos locales (bueno para encontrar trabajo o para organizar cosas).
* Es más barato (el de la URJC son 2000 euros; el de la UOC alrededor de 4500 euros).

Ésta es una visión totalmente personal, pero espero que ayude y no haberme dejado nada importante en el tintero.