Barrapunto

No conocía JConsole y no puedo darte una opinión segura, pero el sentido común me hace suponer que será bastante más lento usar las X a pelo que un protocolo que la propia herramienta proporciona para monitorización remota.

La comunicación entre el servidor gráfico (tu ordenador) y el cliente (el ordenador remoto) es muy intensiva, y supone enviar la ventana como imagen aparte de muchos eventos.

Con la otra solución, seguramente el protocolo tenga una comunicación más eficiente, y al menos no notarás la mala reacción de la interfaz.