Barrapunto

tanto Autotools como CMake pretenden automatizar el proceso de construcción entre distintos sistemas operativos

El objetivo de las autotools no es automatizar la construcción entre distintos sistemas operativos. Eso es sólo una parte muy pequeña de sus objetivos. El objetivo completo es automatizar la la configuración, la instalación y la construcción entre distintas máquinas.

El problema principal es la configuración: incluso dentro de un mismo sistema operativo las ubicaciones de los paquetes de terceros, las versiones de las bibliotecas, o las opciones del compilador pueden ser distintas. Son las típicas opciones que dentro del IDE las cambias a mano en función de la máquina, pero el objetivo de autoconf es que no tengas que cambiar nada a mano, y que con un simple "./configure;make install", se configure, se compile y se instale el programa.