Barrapunto

Entonces decides hacer limpieza total del sistema y, como quieres conservar tus documentos y tu documentación, te haces una copia de tu home (o conservas la partició aparte donde la tenías) y formateas la partición de sistema. Reinstalas el Ubuntu, y pones como home la vieja.
Matar moscas a cañonazos. Típico.

Simplemente guardaría mis documentos y archivos que quisiera conservar, un rm -Rf /home/miusuario y luego crear de nuevo el /home/miusuario y restaurar los archivos. Tiempo empleado..... ¿5 minutos?.