Barrapunto

No se que formato estándar hay para eBook, pero imagino que podrás convertir el PDF a dicho formato con Calibre, aunque si también lo colgasen ellos directamente, cada usuario no tendría que convertirlo por separado.

Habría que hacer el experimento, pero con tanto gráfico y el maquetado en columnas a saber el churro que sale.

Lo que se va "perfilando" como formato para ebooks es ePub, ya que esta siendo soportados por lectores dedicados (el nook, como minimo). Pero en general, hay varias alternativas... html no preserva formato/paginacion, lo cual puede ser algo bueno o malo dependiendo del caso, ademas esta el tema de archivos separados, como graficos/hojas de estilo/etc, para eso tenes el formato chm, pero no tenes visores para todo. Formatos de editores de texto (p/ej, doc) si preservan, pero te arriesgas a que solo se vea bien con algun editor en particular, y que NO lo puedas ver en un ebook dedicado. Diria que pdf no es una mala aproximacion a un archivo unico/descargable para un ebook, aunque las otras nombradas aca tambien tienen su valor.