Barrapunto

Un JIT, por su naturaleza "Just In Time" nunca podrá aplicar tantas optimizaciones como un compilador "Ahead Of Time".

Obviamente. Pero dejando de lado que cantidad no es sinónimo de calidad, un JIT se puede ejecutar sobre bytecode, que es de la forma que funciona .NET. Por lo que puedes aplicar optimizaciones en tiempo de compilación, y en tiempo de ejecución que el JIT aplique optimizaciones en función del entorno de ejecución.

Ademas de todo esto, lo que he dicho antes, el Garbage Collector te para la ejecución de tu programa cuando entra en funcionamiento

El GC es un proceso de baja prioridad, por lo que solo entra en funcionamiento cuando hay recursos libres o cuando no hay recursos en absoluto. En ambos casos, no empeora la situación. Si hay recursos, se puede ejecutar simultáneamente sin problemas. Si no hay recursos, tu aplicación tampoco puede continuar la ejecución.