Barrapunto

vamos por partes:
-Este comentario pretende ayudar sin desmoralizar al que pide ayuda

Esos tres puntos son indispensables antes de plantearse nada mas-->

1- mide las necesidades reales de tus usuarios, no improvises ni evangelices, eso implica hablar con la gente, saber que programas utilizan y comprobar si hay equivalencias que no les resulten muy traumaticas de aprender (office y open office hacen lo mismo pero no se trabaja igual en ellos, has de dar un cambio paulatino de programas e ir comprobando como se adapta la gente), verificar los permisos en red para ver quien accede a que, etc, etc.

2- copias de seguridad, ese tema es vital, nada de scripts chapuzas, has de tener pensado cada cuanto se hacen y como las vas a chequear para verificar que no dan problemas.
Ten en cuenta que segun la ley de protección de datos al menos una de las copias ha de poder almacenarse en un soporte fuera de la empresa por si hubiera algun daño en las instalaciones.

3- gestion de correo electrónico, thunderbird por citar un ejemplo es lo suficientemente sencillo y manejable como para no ser un problema para los usuarios

A partir de las premisas citadas arriba lo siguiente que planteas:

VPN,Terminal server y similares, solo si es indispensable para el funcionamento del servicio o como asistencia remota a usuarios que no puedas ayudar in situ. Hay muchas opciones en linux, solo es cuestion de escoger la que resulte mas comoda, dependiendo de lo que quieras hacer y como este estructurada la red de tu empresa escoge lo que resulte mejor (no siempre lo mas cómodo).

Telefonos wifi y Voip, eso es caro si no te andas con ojo, con un plan de empresas (hay cientos) seguramente consigas buenas tarifas, basta con que tengas unas pocas ofertas sobre la mesa para que los comerciales de distintas compañias se bajen los pantalones por tu empresa si la facturación de tfno es potente.

CERTIFICADOS, a menos que se trate de algun organismo emisor que los necesite para dar mas segurida a sus clientes no los necesitas, y si te refieres a los que hacen falta para trabajar con administraciones públicas que emite la casa de la moneda, salvo contadas excepciones funcionan bien en firefox casi todos, otra cosa es que la página este pensada para explorer y no funcione como es debido, pero ese es otro tema.

En resumen, antes de lanzar un monton de ideas en apariencia inconexas y mal explicadas, hay que plantear de forma clara lo que se quiere conseguir y planificar el servicio en base a esas necesidades. Te cuento esto porque yo ya he pasado por eso, y la gente de la oficina se cabrea cuando no sabe hacer las cosas, ese cabreo se traduce en quejas al jefe, y las quejas al jefe en broncas al informatico, crea una zona de pruebas y que una hora al dia, la gente trabae en ese equipo preparado y te comente sus opiniones, será mas facil para ti ver que cosas funciona de verdad y cuales no, y la gente no vera el cambio con tanto recelo, ademas al ser tenidos en cuenta incluso colaboraran con mas empeño (vendeles que sera para mejorar su trabajo y que puedan vaguear mas en la máquina de cafe o lo que se te ocurra).

Supongo que los home los pretende tener en red, asi que podria usar drbd para mantener una replica de los datos en dos equipos distintos.
Si falla el servidor poder usar el de respaldo mientras solucionas el problema.

Usaria drbd, lvm y nfs.
lvm para hacer las copias de seguridad creando un snapshot, y haciendo el backups del mismo.

Otra opcion seria usar algún sistema de ficheros distribuido en red(Ceph, gfs2, ocfs, etc...). Incluso podrian ser las mismas maquinas de los usuarios las que formaran parte de los cluster de almacenamiento. Aunque en ese caso podira ser buena idea dos tarjeta de red(almenos una gigaethernet para el cluster). :P

Sobre la VOIP creo que la mejor solución es configurarlo mediante teléfonos externos WIFI que se conecten al router directamente. Razones:

1. Evitas que se deconfigure
2. Ahorras en llamadas, y puedes aumentar en líneas de salida, con solo tener una línea de entrada.
3. Igualmente puedes contratar números de otros países y asociarlos a tu cuenta VOIP para que tus clientes ahorren en llamadas. Imáginate vivir en Argentina y tener un nº local de Vietnam?
4. No dependes de tener un ordenador encendido, y facilitas la configuración QOS en los routers.
5. Ahorro en cableado

Sobre el precio de los teléfonos Wifi Voip no son caros, he comprado varios a 15€ de la marca UTStarcom (versión en blanco y negro) y la verdad van de maravilla. Las operadoras Voip que más trabajo con Poivy y SmartVoip dependiento de los destinos que tengan las empresas.