Barrapunto

Pues la verdad es que la variedad a este nivel es un problema. Si todos los escritorios usaran exactamente las mismas librerias y subsistemas, entonces no seria un inconveniente. Pero tal y como estan las cosas ahora... has intentado escribir alguna vez una aplicacion grafica para Linux? Que toolkit utilizas? Te conformas con solo el toolkit o tienes que atarte aun mas a un escritorio concreto usando mas de sus librerias? A lo mejor esto no te parece importante para la gran mayoria de aplicaciones, pero intenta aplicar el cuento a cualquier empresa que quiera hacer software libre y veras cuantos problemas tienen con la decision y, luego, ofreciendo soporte.

A nivel de usuario la variedad es estimulante, pero en ese sentido tienes toda la razón. Supongo que el gran debate en los escritorios es no tanto KDE-Gnome sino QT-GTK. Yo uso KDE y por eso me gustan los programas QT... usar aplicaciones GTK en KDE siempre es un problema, se ven espantosas a menos que te apliques bien y retoques todo para que se presenten como deben... la unidad -al menos en cuanto a bibliotecas- sería algo maravilloso. Pero si se invirtiera pasta gansa en Linux eso serían "problemillas", sólo hay que pensar lo que la pasta ha hecho para silenciar/solucionar problemas de incompatibilidades y demás en MacOS o Windows.

No es problema tener más de un toolkit en el que desarrollar las aplicaciones.

En windows no vienen de serie ni qt ni gtk, así que si desarrollas con ellos para windows, también lo tienes que "instalar"

¿Te gusta más qt? pues usa qt
¿Te gusta más gtk? pues usa gtk
¿Prefieres wxwidgets? pues usa wxwidgets

Yo lo veo como una ventaja, no como un inconveniente