Barrapunto

El tema es que en firefox no hay FileSystem así que usan algún que otro medio de almacenamiento HTML5 [html5rocks.com] (hay unos cuantos) y todos/muchos de ellos vienen limitados por seguridad. Es decir, aunque tú tengas más de 2GB de espacio, en la configuración de firefox seguramente tengas puesto (por defecto viene así) que las páginas no pueden usar más de 2GB.

Sobre lo de implementar las descargas así, en otras páginas es porque "queda bonito" pero en el caso de Mega es por simplificar la vida al usuario aparte de por mantener la privacidad. En Mega descargas un fichero que luego se descifra automáticamente ya en tu ordenador (no te lo dan descifrado. Ellos no saben lo que es). Si lo descargaras por el modo tradicional tendrías que descifrarlo luego con un programa aparte.